「香港有機資源中心認證有限公司」（以下簡稱「公司」），是「香港有機資源中心」（以下簡稱「中心」）管理的獨立認證機構，具有獨立法人資格。
公司由董事會、執行委員會、認證委員會、標準委員會及公司職員所組成。董事會成員來自中心的監督委員會，擁有公司認證系統的最終上訴審議權。
標準委員會由農民、水產養殖業人士、環保人士及科學家、政府代表及中心創辦機構代表所組成，負責制訂或修訂一套適用於香港的有機標準，以供公司的會員大會審議並通過。
認證委員會由農民、水產養殖業人士、零售業界、環保人士及科學家、消費者代表、政府代表、社會賢達及中心創辦機構代表所組成，負責制訂或修訂一套適用於香港的有機認證系統，以供董事會審議並通過。同時，認證委員會亦會根據公司標準及本手冊各項認證要求，審核申請認證單位的操作是否符合有機精神，並作出頒證與否的裁決。
執行委員會由三個中心創辦機構代表所組成，負責管理公司職員以執行整個系統。
